MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_2

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017029	AC	3	6	42	47	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017029	TCT	2	6	72	77	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017029	CT	4	8	93	100	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017029	CCAT	2	8	116	123	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017029	ATCT	2	8	297	304	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017029	AT	3	6	321	326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017029	T	6	6	353	358	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017029	CTT	2	6	365	370	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017029	TTTCT	2	10	388	397	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017029	TGA	2	6	454	459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017029	TA	3	6	526	531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017029	ATTA	2	8	539	546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017029	TATGA	2	10	582	591	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017029	TAA	2	6	596	601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017029	TTA	2	6	640	645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017029	ATTATC	2	12	665	676	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017029	TA	3	6	864	869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017029	GAA	2	6	875	880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017029	ATTT	2	8	930	937	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017029	TTA	2	6	942	947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017029	CTTT	2	8	949	956	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017029	AGAATA	2	12	1058	1069	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017029	TAAA	2	8	1070	1077	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017029	CAG	2	6	1149	1154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017029	AGA	2	6	1180	1185	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017029	TA	3	6	1200	1205	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017029	AG	3	6	1226	1231	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017029	AGT	2	6	1258	1263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017029	TA	3	6	1271	1276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017029	ACT	2	6	1413	1418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017029	CCT	2	6	1444	1449	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_017029	TTG	2	6	1459	1464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017029	GA	3	6	1603	1608	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017029	A	6	6	5379	5384	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017029	ATCA	2	8	5402	5409	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017029	TTA	2	6	5422	5427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017029	TAT	2	6	5975	5980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017029	AT	3	6	6018	6023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017029	GT	3	6	6029	6034	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017029	ACAT	2	8	6588	6595	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017029	TAC	2	6	6620	6625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017029	TGA	2	6	6660	6665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017029	TAA	2	6	6705	6710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017029	TTAAG	2	10	6720	6729	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017029	AT	4	8	6740	6747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017029	ATT	2	6	7640	7645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017029	T	6	6	7648	7653	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017029	ATA	2	6	7659	7664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017029	AT	3	6	7668	7673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017029	ACAT	2	8	7676	7683	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017029	ACAT	2	8	7714	7721	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017029	AT	3	6	7720	7725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017029	ATT	2	6	7764	7769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017029	T	6	6	7768	7773	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017029	TG	3	6	7775	7780	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017029	ATT	2	6	7786	7791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017029	TTGA	2	8	8077	8084	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017029	ATA	2	6	8127	8132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017029	AT	3	6	8134	8139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017029	A	6	6	10577	10582	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017029	AAGT	2	8	10592	10599	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017029	TCC	2	6	10634	10639	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017029	AAG	2	6	10656	10661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017029	TAA	2	6	10674	10679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017029	A	6	6	10681	10686	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017029	TA	3	6	10739	10744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017029	GAA	2	6	10928	10933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017029	AAG	3	9	10997	11005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017029	ATC	2	6	11008	11013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017029	GAT	2	6	11018	11023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017029	AAT	2	6	11055	11060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017029	GAA	2	6	11284	11289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017029	TTTA	2	8	11297	11304	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017029	ATA	2	6	11654	11659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017029	GGT	2	6	11683	11688	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017029	GGC	2	6	11715	11720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017029	CT	3	6	11725	11730	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017029	TTA	2	6	11736	11741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017029	G	6	6	11753	11758	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017029	TTA	2	6	11900	11905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017029	TTA	2	6	13168	13173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017029	TTAT	2	8	13179	13186	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017029	CAT	2	6	13227	13232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017029	T	6	6	13239	13244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017029	ATT	2	6	13260	13265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017029	ATT	2	6	13280	13285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017029	TAA	2	6	13348	13353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017029	TGG	2	6	13435	13440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017029	CTT	3	9	13443	13451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017029	A	6	6	13547	13552	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017029	TGT	2	6	13563	13568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017029	TTAGCA	2	12	13829	13840	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017029	ACT	2	6	13871	13876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017029	T	6	6	13882	13887	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017029	TTTA	2	8	13890	13897	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017029	AGAA	2	8	13919	13926	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017029	TAA	2	6	14014	14019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017029	GGA	2	6	14139	14144	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017029	ATA	2	6	14158	14163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017029	AT	3	6	14182	14187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017029	TAC	2	6	14766	14771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017029	T	6	6	14947	14952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017029	TTC	2	6	16454	16459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017029	TTC	2	6	16655	16660	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017029	TAC	2	6	16674	16679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017029	AG	3	6	16705	16710	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017029	T	7	7	16929	16935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017029	GCA	2	6	16938	16943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017029	CAT	2	6	16969	16974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017029	ACT	2	6	16988	16993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017029	TAG	2	6	17038	17043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017029	TTTAT	2	10	17061	17070	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017029	TGC	2	6	17072	17077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017029	TG	3	6	17415	17420	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017029	CAA	2	6	17430	17435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017029	TAA	2	6	17447	17452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017029	CGT	2	6	17679	17684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017029	AAG	2	6	17692	17697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017029	AT	4	8	17745	17752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017029	TATT	2	8	17796	17803	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.